本病是因生殖結節發育不全所造成的，此種患者除無陰莖外，還可以兼并其他泌尿生殖器，直腸與肛門，心血管體系以及下肢變形，因而，患者常常是短壽的，關于可以成活下來的患者來說，最佳的醫治辦法是轉歸為女性，其手術包含睪丸切除及外陰成形等。
二、隱匿陰莖畸形
本病多見于肥胖體型的人（陰囊腫大造成者除外），病人常因肥胖導致陰莖發育異常，出現包莖及陰莖發育短小等癥，除影響排尿外，對性生活影響也較大，診斷此類病人，應注意與小陰莖和無陰莖者相鑒別，其治療方法是進行綜合性減肥治療，必要時可實施陰莖成形術并輔以內分泌治療，兒童患者應盡量在青春期前完成手術。
三、雙陰莖畸形
本癥是因胚胎期陰莖始基發育障礙所引起的，常合并其他畸形，如雙膀胱，雙直腸以及肛門，脊柱等部位的畸形，因此，對雙陰莖畸形要做全面的體格檢查，以得出全面的診斷，治療單純性雙陰莖畸形比較簡單，可保留較粗壯的一側而將另一側切除。
四、小陰莖畸形
一般認為，新生兒陰莖的長度小于1 cm，進入青春期后陰莖長度小于5 cm，直徑亦較小，但尿道及開口正常者，即稱為小陰莖畸形，其發病原因并不十分清楚，有可能是其他先天畸形的癥狀之一，因此，要注意病人是否存在著性別畸形以及內分泌和生殖器的其他先天疾患，患小陰莖畸形的病人，其第二性征發育多較差，陰莖多存在勃起障礙，嚴重者甚至還有排尿困難，實驗室檢查及病理組織檢查對診斷有一定幫助，治療此類病人可依下列原則進行：
1、首先解除病人的排尿困難，應盡早實施尿道整形術。
2、進行內分泌治療，雄性激素開始使用的時間越早，其治療效果越好。
3、在必要的情況下，可進行小陰莖增大整形術或改變性別的手術。
大陰莖畸形者的陰莖長度和直徑均較正常者大，國內曾報道有陰莖長度達18 cm，根部直徑達3.5 cm，陰莖頭長3.5 cm，頭部直徑達5.5 cm者，大陰莖畸形病人還常常合并內分泌系統的其他疾病，治療這種病人一般是采用部分切除陰莖海綿體的縮小手術。
六、蹼狀陰莖畸形
蹼狀陰莖，是指陰莖皮膚全長附著于陰囊，而使陰莖無法勃起并影響排尿的一種畸形，一些病人還合并尿道下裂或性別畸形，可根據具體情況選擇陰莖成形術或尿道下裂修補術進行治療。
七、陰莖的彎曲畸形
先天性陰莖彎曲，是因陰莖海綿體發育障礙所引起的畸形，陰莖呈向股側彎曲，Devine（1973）根據病變組織的部位與性質將先天性陰莖彎曲劃分為三型，即：尿道海綿體及其周圍筋膜缺如型，Buck筋膜與白膜發育不良型和內膜發育不良型，其中的尿道海綿體缺如型的彎曲最為嚴重，本病病人的主要癥狀是陰莖彎曲，同時伴有排尿及性生活障礙，其治療方法主要是實施包括切除影響陰莖伸直組織在內的陰莖整形術。
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