1、陰囊后陰莖：其表現開始時和陰莖發育不良十分相似，患者可伴有尿道異常。有的患兒真正的陰莖并不存在，實際上僅有一些勃起組織，被陰囊后的異位陰囊皮膚所覆蓋。有的患兒的陰莖在解剖上可能是正常的，但其位置卻是異常的，這也可能反映了不同程度的胚胎發育障礙。對部分僅是位置異常的患兒，可應用外科手術將陰莖復位于陰囊前部。
2、雙陰莖：是一種少見的異常。典型的患者僅有一個陰莖有功能，并有尿道，因此只有在弄清尿道開口以后，才可做適當的外科手術矯治。
3、尿道上裂：尿道上裂較為罕見。特征是尿道上壁缺如，即尿道開放于陰莖的背側表面，可以單純發生，也可以并發其他畸形。輕者僅在陰莖頭部分裂呈溝狀，陰莖較短，陰莖頭扁平，包皮在背側分離，為陰莖頭型。若溝狀尿道自陰莖背側根部至陰莖頂端，則為陰莖型。嚴重者可同時有恥骨分離，膀胱括約肌異常，出現尿失禁，喪失生殖功能。手術治療最好在3歲左右進行。
4、尿道下裂：這種先天異常較常見。值得慶幸的是，大多數情況下，異常是較輕的，僅有少數可能伴有陰莖腹側彎曲、陰莖扭轉或位置偏斜。其原因與胎兒睪丸的雄激素分泌延遲出現或分泌不足，靶器官對雄激素作用不敏感，以及胎兒性發育過程中應用了黃體酮類藥物或雌激素等有關。目前有證據表明，嚴重尿道下裂病人體內的睪丸酮相對缺乏并可持續到成年期。如果對中度或重度尿道下裂不予治療的話，則病人的性功能和性行為均可受到影響。
先天性崎形的陰莖通常指陰莖在胚胎發育中形成的畸形，一殷說來是十分罕見的。得了陰莖畸形怎么辦？
A.陰莖缺如：陰莖發育障礙而缺如，但陰囊、睪丸發育正常，由于陰莖缺如，尿道常開口于會陰部、肛門或直腸內，因此排尿方向方向發生改變，當然就更不能進行性交活動。
B.潛伏陰莖：陰莖被陰囊、會陰部、恥骨部及大腿內側皮下脂肪組織掩蓋，而陰莖又短小，很易誤診為陰莖缺如癥，但隨著發育，皮下脂肪減少，陰莖可顯露。潛伏陰莖多數合并泌尿系統畸形，需進行手術治療。
C.陰囊后陰莖：陰莖位于陰囊后側(肛門側)，多數合并泌尿系統畸形，需作手術治療。
D.雙陰莖：顧名思義是具有二只陰莖，雙陰莖可有左右排列的，也有前后方向排列的，雙陰莖有陰莖完整分成兩個的，也有從陰莖根部分成兩個的，也有從龜頭分成兩個的。雙陰莖多數合并泌尿系統畸形，需作矯形手術。
E.先天性陰莖扭轉癥：陰莖在縱軸90～180度旋轉或左右旋轉，通常向左旋轉占80%，向右旋轉占20%，陰莖扭轉易合并陰莖異常勃起，勃起不適或隱痛等癥狀。
F.先天性陰莖彎曲癥：多數合并泌尿系統畸形，若不影響性交和排尿一般不作治療，否則需作手術治療。
