感染：陰莖假體作為一種異物植入體內，最常見最嚴重的并發癥當屬感染。為了預防感染，手術前、手術中和手術后均需應用有效抗生素。手術前可將假體置于抗生素溶液中，手術中要注意無菌操作，手術后注意及時換藥。應注意選擇大小適當的假體，假體選用過大可使陰莖頭及尿道發生壓力性壞死，也是容易發生感染的原因之一，過小可使龜頭彎曲并影響功能。
疼痛：陰莖的感覺神經很豐富，故陰莖假體植入后可有一些不適感，手術后早期更為明顯。疼痛一般為可耐受性，持續疼痛部位常集中于陰莖遠端及會陰郁。因為假體近端位于陰莖腳的末端，鄰近陰部神經，故可產生牽張性會陰及陰囊疼痛，有時可被認為是睪丸痛，持續疼痛可達6周以上。如較劇烈，可能因為假體過長，應重新手術。手術可通過冠狀溝作小切口取出假體，修除0.5cm，再置入，可很快解除疼痛。
機械故障：多見于可脹性假體。表現為連接管扭曲、漏液、儀器失靈致不能充盈或排空，圓柱或置液器破裂，圓柱局限性膨大等。這些機械性故障影響患者的性交能力，多數通過調試修補可得到解決，如手術器械損傷嚴重的要進行置換。
陰莖海綿體出血及陰莖、陰囊血腫：陰莖假體置入術時，要在陰莖根部腹側作切口，需用特別擴張器在陰莖海綿體向陰莖腳方向擴張，因此，手術后可出現陰莖海綿體出血及陰莖、陰囊血腫。處理的方法是嚴密關閉切口，對血腫局部可用冰袋冷敷及抬高血腫部位，以利于血液的回流和吸收。
手術后其他癥狀及處理：手術后可留置導尿24小時，采取頭低足高位24小時，以后每天3次，每次半小時左右。術后可有尿急，尿頻，排尿時疼痛及異物感，因此至少預防性用藥7天，藥可選用青霉素、慶大霉素、丁胺卡那霉素、妥布霉素等。陰囊部要置冰袋24小時以減少腫脹不適。對可脹性假體，手術后2—3周開始操縱輸液并作充液及放液訓練，并可開始恢復性生活。
