1、最為有效的是遺傳基因的影響。
2、在母體懷孕期間因用藥不當影響到雄性激素的分泌，產生先天不足，缺乏健壯性機能的營養和原素，形成先天發育不良。
3、青少年發育期間攝入的鋅原素、雄性激素、維生素E和相關蛋白營養不足，缺乏后天能量補充，起不到壯大性器官的作用。
4、性生活過度、身體虛弱或在青少年剛發育期間手淫過頻，使腎臟在發育時無能量去壯大發育性器官，形成陰莖短小。
5、內體寒、怕冷、體內陽氣嚴重不足，致使陰莖不能有效凸出，有部分陰莖仍內縮于腹腔內。
6、后天性的陰莖短小，主要是因睪丸痿縮引起，例如：長其從事微波、超聲、高溫、放射線等作業的男性，青春期前腮脈炎合并睪丸寒及長期食用粗制棉籽油等，均可以引起睪丸痿縮。
7、包皮過長，缺乏生長的必要空間，陰礙陰莖的發育生長。
8、曾患有睪丸炎、隱睪癥、睪丸發育不全等癥及內分泌不平衡，雄性激素不足。
9、肥胖 一些小腹部、恥骨聯合部、會陰部脂肪豐滿突出的男性，往往陰莖的發育欠佳，比起正常男性的陰莖會相對短小。的確，與肥大的身體相比，這種短小的陰莖在婚后可能會給性生活帶來一定的困難和不理想。
已上是男性陰莖短小發病原因的介紹，齊齊哈爾?現代醫院泌尿外科醫生表示男性陰莖短小不能自怨自艾，更不能自暴自棄，選擇好的醫院，好的陰莖延長增粗技術改善陰莖短小的現狀才是正確之選。
